A partir de 1º año de Secundaria los alumnos comienzan a tener profesores en las distintas áreas con una preparación específica. La modalidad principal para este nivel es la de Ciencias Naturales, sin embargo se complementa con áreas curriculares que pertenecen a Gestión y Empresas, y a Humanidades. El título otorgado al finalizar el ciclo es de Bachiller Bilingüe.

Durante los últimos años de este tramo de su educación, los alumnos rinden exámenes de la Universidad de Cambridge en los niveles F.C.E. (First Certificate in English), I.G.C.S.E. (International General Certificate of Education) y AS Level Cambridge, logrando así una educación de proyección internacional. Son de carácter obligatorio. Todo alumno del St. Philip the Apostle College tiene la posibilidad de participar en diversas propuestas como  torneos en distintas disciplinas, giras deportivas y campamentos, encuentros corales y concerts. Reciben talleres de formación y colaboran en actividades solidarias, contribuyendo así a una formación amplia y enriquecedora.